В 1967—1980 годах музей имел статус народного, в 1980 году музей стал отделом, а с 1987 года — филиалом Карельского государственного краеведческого музея. Музей был открыт в 1967 году в здании Шелтозерской библиотеки, с 1991 года располагается доме Мелькина, памятнике деревянного зодчества начала XIX века. Фонды музея насчитывают более 7 тысяч предметов этнографического характера. Основная часть музейного фонда была собрана в вепсских деревнях Рыборецкого, Шокшинского и Шелтозерского сельских поселений Республики Карелия, частично в деревнях Ленинградской и Вологодской областей. В музее представлены тематические разделы: ʺИстория, быт и хозяйство прионежских вепсовʺ, ʺИнтерьер крестьянской избы конца XIX—начала XX вековʺ, ʺХозяйственный дворʺ, а также выставка ʺКультура современных вепсовʺ.
